重庆三峡医药高等专科学校是教育部批准，重庆市人民政府举办，重庆市教委主管的普通高等学校，是三峡库区唯一独立设置的全日制医药卫生类高等院校，是重庆市市级示范性高等职业院校，重庆市优质高等职业院校，国家优质专科高等职业院校，国家高水平专业群建设单位。学校在GDI智库高职高专排行TOP1000榜中，2021年全国高职高专排名第55。

重庆市万县卫生学校创建于1951年，重庆市万县中医药学校创建于1974年。2006年，两所中职院校合并升格设立重庆三峡医药高等专科学校。2009年，学校管理体制由万州区管理调整为重庆市教委管理，通过教育部高等职业院校人才培养工作合格评估。2010年，学校被确定为重庆市市级示范性高等职业院校建设单位。2017年，学校成为重庆市优质院校。2019年，学校通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收，被确定为国家优质专科高等职业院校、中国特色高水平专业群建设单位。